Depresja może być także jednym z objawów choroby afektywnej dwubiegunowej. Chorobę tę nazywa się także chorobą dwubiegunową, cyklofrenią lub, nieprawidłowo, psychozą maniakalno-depresyjną. Depresja dwubiegunowa powoduje bardzo charakterystyczne zmiany nastrojów, które mogą pojawiać się cyklicznie. Biegunami tej choroby są kliniczna depresja oraz mania lub hipomania, czyli stan niekontrolowanego podniecenia psychicznego i fizycznego.
W fazie manii lub hipomanii pacjentów rozsadza energia, są rubaszni i gadatliwi. Potrzebują bardzo mało snu albo wcale nie śpią. W rozmowie przeskakują z tematu na temat. Żywią przekonanie o swoich niezwykłych zdolnościach i talentach, mają nierzeczywiste wizje na temat posiadanych bogactw, władzy czy idealnej miłości. Szastają pieniędzmi, których nie mają, są inicjatorami wielkich przedsięwzięć, które w krótkim czasie porzucają. Z czasem przyspieszony wątek myślowy zaczyna się rwać, a podwyższona aktywność przeradza się w stan męczącego, bezcelowego pobudzenia bez chwil odpoczynku. Gdy wybujałe ambicje nie są zaspokajane, pojawiają się urojenia prześladowcze. Czasami dochodzi do zaburzeń myślenia łącznie z halucynacjami oraz urojeniami (jest to najcięższy stan, w który może popaść chory).
Łagodniejszy stan manii, zwany hipomanią, również zdarza się w przebiegu choroby dwubiegunowej. W tym stanie pacjent jest czarujący, elokwentny i przejawiający inicjatywę, towarzyski i interesujący. Stan ten bywa twórczy – doświadcza go wielu artystów i pisarzy, bywa źródłem oryginalnych pomysłów i inspiracji. Jednak cena płacona przez pacjentów w pełnym stanie manii jest wysoka: zniszczone małżeństwa, alkoholizm, narkomania, bankructwa, długi, utrata pracy.
W przebiegu choroby dwubiegunowej zwykle jako pierwszy występuje epizod depresyjny, okres manii zaś może pojawić się dopiero po kilku latach (choć u mężczyzn częściej niż u kobiet jako pierwszy objaw choroby występuje właśnie mania) lub po paru epizodach depresyjnych, gdy wydaje się, że pacjent cierpi na depresję jednobiegunową. Nieleczony epizod maniakalny trwa około 4 miesięcy, depresyjny zaś – około pół roku. Przed wprowadzeniem nowoczesnych metod leczenia blisko połowa pacjentów cierpiących z powodu choroby afektywnej dwubiegunowej co 2 lub 3 lata spędzała ponad 4 miesiące w ośrodkach psychiatrycznych. Mania może skończyć się śmiercią samobójczą albo śmiercią z powodu wycieńczenia fizycznego. Przed odkryciem współczesnych środków leczących stany manii i depresji w ten sposób kończyło życie wielu pacjentów z chorobą dwubiegunową.
Choroba dwubiegunowa ma przebieg okresowy: kilkumiesięczne epizody depresji lub manii są przedzielone okresami normalizacji nastroju. Taki przebieg określa się jako typ 1. W typie 2 występują naprzemiennie fazy depresji i hipomanii, nigdy nie dochodzi do manii. Czasami na początku choroby stany hipomanii są bardzo łagodne lub nie występują wcale, co prowadzi do omyłkowego rozpoznania depresji jednobiegunowej i prowadzenia niewłaściwego leczenia, aż do momentu przekroczenia przez chorego progu manii. U wielu chorych między epizodami manii lub depresji występują też nietypowe objawy choroby, jak chwiejność nastroju. Może też nastąpić tak zwany stan mieszany, w którym chorzy są naładowani energią, nadmiernie aktywni i mało śpią, a jednocześnie bywają drażliwi i doświadczają wybuchów gniewu. Bywają wtedy nieprzyjemni i opryskliwi. Pojawia się gonitwa myśli, które mają charakter depresyjny, a zmniejszona potrzeba snu (typowa dla manii) przechodzi w bezsenność (typową dla depresji). Stan mieszany jest najbardziej dolegliwą i niebezpieczną dla życia postacią choroby. W tym stanie chorzy najbardziej cierpią i najczęściej popełniają samobójstwo. Jest on również najtrudniejszy w leczeniu.
Na depresję dwubiegunową cierpieli: Virginia Woolf, Ernest Hemingway, Robert Schumann, Vincent van Gogh, George Byron. Virginia Woolf, Ernest Hemingway i van Gogh popełnili z jej powodu samobójstwo, natomiast Schumann zmarł z wycieńczenia podczas jednego z okresów manii.
Na klasyczną depresję dwubiegunową (typ 1) choruje jedna osoba na sto, na łagodniejszą chorobę dwubiegunową typu 2 choruje 4% populacji. Typ 1 występuje z taką samą częstotliwością u obu płci, na depresję dwubiegunową typu 2 dwukrotnie częściej chorują kobiety. Statystycznie, najczęściej pierwszy epizod choroby jest rozpoznawany w wieku 20-30 lat, ale pierwsze objawy mogą pojawiać się już 10 lat wcześniej, niekiedy nawet u małych dzieci, czasami pod postacią zespołu deficytu uwagi z nadruchliwością. Pierwszym epizodem choroby dwubiegunowej u dzieci jest depresja. Im wcześniej występuje u dziecka, tym większe ryzyko, że mamy do czynienia z chorobą dwubiegunową. Wśród dzieci i młodzieży cierpiących na depresję u jednego na pięciu nastolatków i u jednego na troje dzieci poniżej jedenastego roku życia okazuje się ona pierwszym objawem choroby dwubiegunowej, która zostaje zdiagnozowana dużo później.