Wszystkie trzy grupy genów odporności tkankowej są dziedziczone jako jedna całość; grupę genów dziedziczoną wspólnie nazywamy haplotypem. Haplotyp to ciąg sąsiadujących ze sobą genów, które znajdu­ją się na tym samym odcinku helisy DNA. Otrzymujemy dwa haplotypy genów odporności tkankowej HLA – jeden od matki i jeden od oj­ca. Dzieci nigdy nie mają takiego samego systemu odpornościowego jak rodzice, lecz rodzeństwo ma 25% szansy, że będzie miało ten sam skład systemu odpornościowego, w zależności od chromosomów przekazanych od rodziców podczas powstawania gamet. Dlatego po­szukiwania dawców szpiku kostnego, gdy zgodność HLA jest najważ­niejsza, zawsze rozpoczynają się od rodzeństwa. W rodzinie geny te różnią się tym bardziej, im dalsze jest pokrewieństwo. Dzieci mają 50% genów HI_A swoich rodziców, wnukowie – 25% genów swoich dziadków Jedynie bliźnięta jednojajowe mają te same geny układu zgodności tkankowej HLA.