Toczeń rumieniowaty układowy jest bardzo poważną chorobą reumatyczną. Najczęściej chorują na nią kobiety: na każdego chorego mężczyznę przypada dziewięć chorych kobiet. W USA na toczeń cierpi jedna na siedemset młodych kobiet rasy białej; kobiety pochodzenia afrykańskiego chorują prawie trzy razy częściej. Na toczeń chorują także dzieci, choć o wiele rzadziej; przed okresem dojrzewania przewaga dziewcząt jest mniejsza. Toczeń występuje na całym świecie, lecz częstość jego występowania jest różna; o wiele rzadziej dotyka kobiety pochodzenia azjatyckiego, równie rzadko bywa diagnozowany w Islandii i Szwecji.
Choroba zazwyczaj zaczyna się powoli. Pojawiają się zmiany na skórze oraz objawy spowodowane zajęciem specyficznych narządów – stawów, skóry, nerek, mózgu, serca, płuc, jelit. U ponad połowy chorych na policzkach i grzbiecie nosa pojawia się typowa wysypka w kształcie motyla. Występuje stała lub przerywana gorączka, utrata wagi i apetytu, bóle mięśni, anemia. Toczeń może przyjąć bardzo ostrą formę i mieć skutek śmiertelny.
Rozregulowany system immunologiczny w toczniu produkuje przeciwciała skierowane przeciwko jądrom komórkowym i innym częściom składowym własnych komórek. Antyciała te osadzają się w tkance łącznej danych narządów i powodują mobilizację innych części układu odpornościowego, które podejmują zmasowany atak, a w jego wyniku narząd zostaje uszkodzony. Przyczyny rozregulowania układu odpornościowego nie są znane; być może są to infekcje (bakteryjne albo wirusowe), hormony (zwłaszcza estrogeny) lub promieniowanie słoneczne. Istnieje parę ważnych grup genów, które mogą przyczyniać się do rozwoju tocznia. Należą do nich geny układu zgodności tkankowej HLA, geny cytokinin, czyli komunikatorów między różnymi częściami układu odporności, oraz geny dopełniacza, czyli części układu odporności odpowiedzialnej za usuwanie zużytych przeciwciał z tkanek.