Upośledzenie umysłowe występuje u 3% społeczności (co trzydziesta osoba jest upośledzona umysłowo), w większości wypadków jego powód nie jest znany. Rozpoznanie upośledzenia umysłowego w stopniu głębokim następuje w pierwszym roku życia; gdy mamy do czynienia z upośledzeniem lekkim lub umiarkowanym, nieco później. Upośledzenie umysłowe może być spowodowane niedoborem tlenu podczas porodu, wylewem krwi do mózgu przed, podczas albo po porodzie, wrodzonymi zakażeniami oraz urazami (wstrząsami lub stłuczeniami) mózgu, może wynikać z wcześniactwa, z zatruć, z izolacji kulturowej, z kompletnego zaniedbania niemowlęcia oraz z jego niedożywienia. Nawet po dogłębnych badaniach genetycznych, biochemicznych i neurologicznych nie wiemy, co jest przyczyną ponad 50% przypadków upośledzenia umysłowego.
Choroby genetyczne powodują około 15% przypadków upośledzenia umysłowego, zaś najwyższy procent wśród nich stanowią aberracje chromosomowe. Najczęstszą aberracją chromosomową powodującą upośledzenie umysłowe jest zespół Downa (wywołany przez dodatkową kopię chromosomu numer 21), drugą – zaburzenia budowy końcówek niektórych chromosomów (tak zwanych telomerów), trzecią – zespół łamliwego chromosomu X. Inne genetyczne, ale nie chromosomowe przyczyny upośledzenia umysłowego to: fenyloketonuria, zespół Retta, różnorakie zespoły wad wrodzonych oraz inne choroby genetyczne i metaboliczne. Wśród dziewcząt najczęstszą po zespole Downa przyczyną upośledzenia umysłowego jest zespół Retta, u chłopców – zespół łamliwego chromosomu X.
Ryzyko powtórnego wystąpienia upośledzenia umysłowego w rodzinie zależy od jego przyczyny; jeżeli dokładny powód nie jest znany, musimy zdać się na badania epidemiologiczne. Wynika z nich, że po urodzeniu chłopca, u którego wystąpiło głębokie upośledzenie umysłowe, ryzyko ponownego pojawienia się wady w tej samej rodzinie (w jakimkolwiek stopniu) wynosi 13% u jego brata i 5% u jego siostry. Po urodzeniu dziewczynki z głębokim upośledzeniem umysłowym ryzyko to wynosi 8% u jej brata i 7% u siostry.