Brak znajomości czy też możliwości identyfikacji mutacji ogranicza diagnostykę chorób dziedzicznych, ale jej nie wyklucza. Stosuje się wówczas pośrednie metody śledzenia markerów genetycznych sprzę­żonych z daną chorobą. Sprzężenie określa, że dany gen i marker znaj­dują się w tym samym chromosomie. Markery to specyficzne sekwen­cje DNA, które można zidentyfikować, a następnie śledzić ich dziedzi­czenie z pokolenia na pokolenie. Im bliżej znajdują się dwa markery lub marker i gen, tym większe sprzężenie i tym pewniejszy wynik badań. Markery mogą leżeć nawet w obrębie badanego genu. Badanie sprzę­żenia danej choroby w rodzinie jest o wiele bardziej skomplikowane niż bezpośrednie badanie mutacji genu i dlatego wymaga pomocy do­radcy genetycznego w celu wyjaśnienia wyników. Wyniki badania sprzężenia nie określają, czy pacjent odziedziczył dany gen, lecz tylko prawdopodobieństwo tego faktu.

Wraz z coraz większym postępem na polu genetyki pośrednie bada­nia dziedziczenia stosuje się coraz rzadziej; zastępuje je identyfikacja mutacji związanych z daną chorobą oraz bezpośrednia analiza DNA.