Wszystkie komórki w ciele człowieka są pokryte warstwą cząsteczek białkowych, które pomagają w ich wzajemnym rozpoznawaniu. Białka te znajdują się w białych krwinkach i we wszystkich innych komórkach organizmu. Różne kombinacje genów kodujących te białka pozwalają komórkom układu odpornościowego na rozpoznawanie olbrzymiej liczby różnych ciał obcych oraz na ich zwalczanie. Te procesy rozpoznawcze są przyczyną odrzucania tkanek obcych narządów po transplantacji oraz powikłań związanych z transfuzją krwi nieodpowiedniej grupy. Niektóre warianty tych genów wiążą się z podwyższoną podatnością na choroby autoimmunologiczne. Podstawą tych chorób na poziomie komórkowym jest rozregulowanie systemu odpornościowego i niepoprawne rozpoznawanie tkanek własnego organizmu. System immunologiczny produkuje przeciwciała przeciwko składnikom własnych komórek, a przeciwciała te mobilizują atak na własne tkanki. Do chorób autoimmunologicznych zaliczamy cukrzycę typu I, wrzodziejące zapalenie jelita grubego, bielactwo, stwardnienie rozsiane, toczeń rumieniowaty, liczne choroby powodujące niedoczynność gruczołów dokrewnych oraz wiele innych. Choroby autoimmunologiczne mogą także wystąpić jako reakcja na leczenie niektórymi antybiotykami, lekami przeciwpadaczkowymi lub niektórymi lekami nasercowymi.
GŁÓWNY UKŁAD ZGODNOŚCI TKANKOWEJ
System rozpoznawania tkanek obcych to tak zwany główny układ zgodności tkankowej (ang. major histocompatibility complex, MHQ. Należą do niego antygeny zgodności tkankowej, zwane także antygenami HLA (ang. human leukocyte antigen) oraz grupa innych białek biorących udział w procesach immunologicznych. System kieruje mechanizmami rozpoznawania obcych białek przez układ odpornościowy. Jego różne geny produkują przeciwciała bakterii, wirusów oraz innych mikroorganizmów, jak też czynników chemicznych, a czasami również leków. Na główny układ zgodności tkankowej składają się trzy podstawowe grupy genów znajdujących się blisko siebie w chromosomie 16. Ich klasyfikacja jest bardzo skomplikowana. Do genów grupy pierwszej (klasa I) należą HLA-A, -B, -C, aż do -G; do genów grupy drugiej (klasa II) – geny HLA-DR -DR, -DQ, -DN, -DO; do grupy trzeciej (klasa III) należą geny innych białek immunologicznych, których nie zalicza się do systemu HLA. Częstość występowania odmiennych genów HLA i ich wariantów różni się także w obrębie grup etnicznych i ras.